O Governo Geral é o grupo responsável por coordenar, animar e orientar a vida e a missão do Instituto Jesus Maria José em nível internacional. Ele atua conforme as Constituições e o carisma da Congregação, buscando a unidade entre as províncias, delegações e comunidades religiosas nos oito países onde as Irmãs estão presentes.  

Em janeiro de 2025, o XVII Capítulo Geral elegeu o novo Governo Geral do Instituto Jesus Maria José, para o sexênio 2025 a 2031 que ficou assim constituído:

Superiora Geral
Irmã Maria Fátima Tomazi 

Vigária Geral
Irmã Margarida Rodrigues Bento

Conselheiras
Irmã Ana Maria da Cruz – Evangelização
Irmã Deuzelina Francisco Linhares – Economia
Irmã Joana Feliciano – Formação

A Sede do Governo Geral está localizada em São Paulo (SP), no Brasil, onde funciona a Secretaria Geral e o Arquivo Geral. No local, vivem as Irmãs eleitas para governar o Instituto JMJ durante o seu mandato.