O Instituto Jesus Maria José foi fundado por Rita Lopes de Almeida, no dia 24 de setembro de 1880, em Viseu, cidade portuguesa. Em pouco tempo, a atuação do Instituto ampliou-se a outras Dioceses de Portugal. Mulher audaz e de fé inabalável, Madre Rita, como era conhecida, cativava a todos com sua simplicidade e alegria buscando levá-los para Deus e realizar em tudo a sua vontade. Ela tinha um grande amor missionário e dizia: “Se preciso fosse, eu percorreria o mundo inteiro para salvar uma só alma”.
Em 1910, com a implantação da república no país surgiu a perseguição religiosa a toda a Igreja. Nesse contexto, Madre Rita foi obrigada a fechar suas casas e as irmãs se dispersaram. Os bens do Instituto foram confiscados pelo governo. Ela, não querendo ver acabada uma Obra que lhe custara tanto sacrifício, enfrenta com coragem e determinação todos os desafios e, em novembro de 1912, envia o primeiro grupo de irmãs para o Brasil.
Em 1912, ao despedir-se das religiosas, Madre Rita disse: “Ide minhas filhas, sede fiéis e observantes a Deus Nosso Senhor e Ele será convosco. Quanto a mim, jamais vos verei; só no céu espero abraçar-vos de novo”. (PE.244)
Assim, com grande espírito missionário, as primeiras irmãs do Instituto Jesus Maria José chegaram ao Brasil. Confiando na providência divina, vivendo na pobreza e anunciando, com alegria e simplicidade, o Reino de Deus, elas instalaram-se em Igarapava, interior de São Paulo, e lançaram as sementes do Evangelho da Conversão em terras brasileiras. Desde então, a Sede Geral do Instituto Jesus Maria José está no Brasil.
Em 1942, após 32 anos da saída do Instituto do território português, as irmãs retornam ao país e recomeçam o trabalho de evangelização.
Desde 1999, a Sede Geral do Instituto está localizada no bairro de Santo Amaro, em São Paulo (SP). No local, funcionam a Secretaria Geral e o Arquivo Geral.
Hoje, o Instituto conta com 150 irmãs e está presente em oito países: Angola, Bolívia, Brasil, Cabo Verde, Moçambique, Paraguai, Peru e Portugal.