O Instituto Jesus Maria José tem a sua Sede Geral em São Paulo, Brasil.
Nela funciona a Secretaria Geral e o Arquivo Geral do Instituto.
Reside nela a comunidade das Irmãs eleitas para governar o Instituto durante o seu mandato.
” Importância de uma Casa Geral.
Casa Mãe deve assemelhar-se á Casa de Nazaré. o Instituto a uma grande árvore e a casa Mãe será suas raízes, de onde as irmãs vão haurir forças, energia, incentivo para sua vida consagrada e seus trabalhos”(palavras de Dom Fernando Figueiredo,)
É o centro onde as orientações Gerais são refletidas e discernidas, para serem dinamizadas em todo o Instituto; é também o espaço onde as Irmãs devem ser acolhidas para receber incentivo e o apoio para sua vida de Consagração Religiosa e de Missão.
A Sede Geral do Instituto, está no Brasil desde 1912. Passou por algumas mudanças de edifício na atualidade funciona - Rua de São José, 501, Santo Amaro São Paulo Brasil - desde Dezembro de 1999.
A Casa atual foi inaugurada, no dia 9 de Dezembro de 1999, sob a Presidência da Irmã Ângela Guilardi e seu Conselho.
Junto à Casa Geral funciona como extensão, uma Chácara dentro da cidade de São Paulo, CERAJ (Centro de Espiritualidade Rita Amada de Jesus), construção nova, num ambiente onde a natureza nos convida ao descanso e à interioridade. Foi inaugurado em Março de 2010, nela se realizam reuniões, retiros, encontros, palestras e atividades gerais do Instituto. Abrimos este espaço aos movimentos leigos de Paróquias e outras Congregações Institutos Religiosos.
Neste local está localizado o Memorial do Instituto.